Melihat aturan mengatur tentang HAM dan Pengadilan HAM di Indonesia, maka ada beberapa kata kunci dengan melihat secara utuh.
Walaupun materi HAM sudah termaktub didalam Konstitusi UUD 1945, namun yang dapat disidangkan di pengadilan HAM hanya berkaitan dengan kejahatan terhadap HAM berupa kejahatan genosida dan kejahatan terhadap kemanusiaan.
Kejahatan Genosida terdiri dari membunuh anggota kelompok, mengakibatkan penderitaan fisik atau mental yang berat terhadap anggota-anggota kelompok, menciptakan kondisi kehidupan kelompok yang akan mengakibatkan kemusnahan secara fisik baik seluruh atau sebagiannya, memaksakan tindakan-tindakan yang bertujuan mencegah kelahiran di dalam kelompok dan memindahkan secara paksa anak-anak dari kelompok tertentu ke kelompok lain.
Sedangkan kejahatan terhadap kemanusiaan diantaranya pembunuhan, pemusnahan, perbudakan, pengusiran, penyiksaan, pemerkosaan, penghilangan orang secara paksa dan kejahatan apartheid.
Secara prinsip pelaksanaan Pengadilan HAM tetap merujuk kedalam KUHAP. Namun yang menjadi penyelidik adalah Komnas HAM. Sedangkan yang menjadi penyidik adalah Jaksa Agung.
Wewenang sebagai Penyidik dalam kejahatan HAM yang terdapat oleh Jaksa Penuntut Umum sekaligus mengeliminir penyidik yang terdapat di Kepolisian Republik Indonesia. Mekanisme ini dikenal sebagai asas Lex Specialis derogate Lex Generalis
Namun walaupun “hak untuk hidup” merupakan hak yang esensial, didalam Pengadilan HAM Masih terdapat hukuman mati. Hukuman yang dilarang menurut konstitusi (UUD 1945).
Didalam perkembangannya, kejahatan HAM yang disidangkan di Pengadilan HAM adalah perkara Tiga kasus lain yang sudah selesai yakni kasus Timor Timur tahun 1999, kasus Tanjung Priok 1984 dan peristiwa Abepura 20005 dari 15 kasus pelanggaran hak asasi manusia (HAM) berat berada di bawah penanganan Kejaksaan Agung.
12 Perkara yang belum diselesaikan, 8 kasus terjadi sebelum adanya UU HAM. Kedelapan kasus tersebut adalah Peristiwa 1965, peristiwa Penembakan Misterius (Petrus), Peristiwa Trisaksi, Semanggi I dan Semanggi II tahun 1998, peristiwa Penculikan dan Penghilangan Orang Secara Paksa, Peristiwa Talangsari, Peristiwa Simpang KKA, Oeristiwa Rumah Gedong tahun 1989, Peristiwa dukun santet, ninja dan orang gila di Banyuwangi tahun 1998.
Sedangkan empat kasus lainnya yang terjadi setelah terbitnya UU Pengadilan HAM, yakni peristiwa Wasior, Wamena dan Paniai di Papua serta peristiwa Jambo Keupok di Aceh.